ファイアウォールの背後にあるIPでLet's Encryptが失敗しています

その通りです。

Discourse-setup から接続できなかったという警告が表示されたはずです。

サポートされていません。ファイアウォールの内側で実行したい場合は、証明書を取得するための別の方法を見つける必要があります。Discourse Docker セットアップで SSL / HTTPS を許可する を参照してください。

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