Eu acho que Aparência → Logotipo foi adicionado quando muitas configurações foram agrupadas em páginas de configuração e tornadas diretamente acessíveis na barra lateral de administração. Então, eu acho que este é o lugar onde deveria ser mais fácil para os administradores configurarem isso porque é um local separado em comparação com estar escondido em todas as configurações do site. Mas, no final, parece apenas um pouco diferente, mas você edita as mesmas configurações do site. A maioria das configurações do site também faz parte de uma das páginas de configuração.
Eu relatei antes que as dicas sobre qual tamanho cada logotipo deve ter diferem entre as configurações do site e a página de configuração. Isso também torna tudo mais confuso.