Если ваша цель — выполнить обновление максимально просто, лучше всего создать новую виртуальную машину и мигрировать на неё. Так вы избежите необходимости обновлять базу данных и получите новую операционную систему на вашей виртуальной машине, что вам, скорее всего, всё равно нужно сделать.
Следуйте руководству Перенос сайта Discourse на другой VPS с помощью rsync и не копируйте базу данных (но да, загрузку файлов, сертификаты Let’s Encrypt и сами сертификаты).
Если ваши резервные копии хранятся в S3, процесс очень прост: заморозьте старый сервер, создайте резервную копию и восстановите её на новой машине.
Если у Hetzner есть постоянный IP-адрес, который можно назначать разным серверам, вам даже не придётся менять DNS.
Вам важно убедиться, что вы можете создать новый сервер, чтобы в случае необходимости всегда иметь такую возможность. Это отличный шанс потренироваться.