これはURLとCommonMarkの問題のようですね。末尾に))))))を追加して開き括弧と閉じ括弧のバランスを取ると、Markdownリンクが正しく解析されます。
[link](https://www.depotlegal.be/Depot/form.aspx?SC=KBRVITRINE1#/Search/(query:(AdvancedQuery:(queryGroups:!((queryClauses:!((index:KBR264b_idx,logical:0,operator:0,otherValue:!n,value:'petites%20singularit%C3%A9s'))))))))
これは、Markdown-itエンジン（Discourseで使用されている）が従うCommonMark Specの動作と一致します。
<で始まらず、ASCII制御文字またはスペース文字を含まず、バックスラッシュでエスケープされているか、(a)バックスラッシュでエスケープされているか、(b)エスケープされていない括弧のバランスの取れたペアの一部である場合にのみ括弧を含む、空でない一連の文字。（実装ではパフォーマンスの問題を回避するために括弧のネストに制限を設ける場合がありますが、少なくとも3レベルのネストはサポートする必要があります。）
これはmarkdown-itデモでもテストできます。