У меня такого расхождения нет, но я понимаю его.
Я ожидаю, что Markdown будет делать именно то, что я говорю: [ссылка] означает, что следующее должно быть отрисовано как ссылка; мне решать, поместить ли туда корректный URL.
Я ожидаю, что редактор сделает немного магии: это похоже на URL, поэтому я отмечу его как ссылку.
Для меня это стало естественным, но я определённо вижу потенциал для путаницы. Возможно, подобную магию можно применить для проверки формата ссылок Markdown перед их превращением в активные ссылки.