ここで起こっているのは、個人のダークカラースキームとしてアンバーが選択されていることだと思います。
このブランドテーマのようなテーマは、カラースキームに依存しないため、異なるカラースキームを適用しても意味がありません。しかし、現時点では特定のテーマに対してユーザーカラースキームを無効にするオプションはありません。
これまでのところ、アクセントカラーの値はテーマ自体に明示的に宣言されており、カラースキームからは取得していません。しかし、アンバーの場合、グレーの背景値もそれに混ざっているようです。応急処置としては、カラースキームから推測するのではなく、テーマですべてのカラー変数を手動で宣言することです。
私の一般的な好みとしては、ブランドテーマのような特定のテーマでカスタムカラースキームを無効にするオプションがあれば良いと考えています。