La documentación y tu experiencia sugieren que R2 no es compatible, por lo que tendrás que resolver el problema de alguna otra manera.
Pensé que me estaba funcionando, pero no probé con mucho cuidado y no lo usé más allá de una prueba de humo trivial.
Si la copia de seguridad no descarga los archivos de R2, necesitarás usar alguna otra herramienta para recuperar los archivos de R2 y luego enviarlos a tu nuevo bucket y luego actualizar la base de datos manualmente (puedes buscar temas usando la tarea remap de rake, creo).
Este es un proceso complejo, por lo que necesitarás comprender bastante sobre R2, S3 y las Cargas de Discourse. Probablemente será difícil explicar tus problemas exactos con la especificidad suficiente para que puedas obtener una solución en un foro.