これは些細なことですが、アップグレードのたびにこれらの2つの非推奨警告が表示され続けています。いずれ修正が必要になるでしょう。
$ bundle install --deployment --jobs 4 --without test development
[DEPRECATED] `--deployment` フラグは非推奨です。これは、bundler の呼び出し間で設定を記憶することに依存していますが、将来のバージョンでは bundler はこれを行いません。代わりに `bundle config set --local deployment 'true'` を使用し、このフラグの使用は中止してください
[DEPRECATED] `--without` フラグは非推奨です。これも bundler の呼び出し間で設定を記憶することに依存していますが、将来のバージョンでは bundler はこれを行いません。代わりに `bundle config set --local without 'test development'` を使用し、このフラグの使用は中止してください
おそらく、ここにある行を調整する必要があるのでしょう: