No creo que /etc/sysctl.d haya sido desaprobado. ¿Puedes revisar los otros archivos listados allí y ver cuál(es) está(n) anulando /etc/sysctl.d/10-huge-pages.conf? ¿Quizás uno de esos archivos 50-priority?
La mejor solución probablemente será cambiar la prioridad de la configuración de páginas grandes para que gane. Pero no estoy ejecutando ninguna de esas versiones en mis sistemas ahora mismo.
También comprueba si tuned está anulando la configuración.