No creo que esa sea la conclusión inmediata que puedes/deberías sacar. El problema debería ser sencillo:
La razón por la que ese índice no se crea es que tienes al menos dos entradas en la tabla tags que se resuelven a lo mismo cuando tomas la versión en minúsculas de su nombre. Eso es lo que te está diciendo el mensaje de error.
Así que creo que todavía necesitas encontrar las entradas relacionadas en esa única tabla que chocan al pasar por esa transformación.
Además, las publicaciones no se etiquetan, los temas sí.
Antes de eliminar el/los duplicado(s), anota sus ids porque también necesitarás eliminar las filas relacionadas de la tabla topic_tags (algo que podrías haber solucionado rápidamente si hubieras realizado todo este mantenimiento en línea simplemente reiniciando el contenedor en lugar de destruir la instancia).