No sé realmente qué entiendes por dos contenedores, pero si asumes que dos contenedores significan dos instancias separadas de Discourse, entonces estás buscando en la dirección equivocada.
Este artículo ayuda a configurar un contenedor de aplicación y base de datos separados, lo cual es útil para usuarios avanzados que buscan cierta flexibilidad.
Si deseas instalar/alojar dos sitios de Discourse en la misma máquina, tal vez debas consultar sobre la configuración multisitio de Discourse:
Multisite configuration with Docker