Sí. En la mayoría de los casos, no hay migraciones que interrumpan el contenedor en ejecución.
También puedes configurarlo para que las migraciones estén deshabilitadas en web_only.yml, y luego, una vez que el nuevo contenedor esté en ejecución, hacer algo como:
cd /var/www/discourse;SKIP_POST_DEPLOYMENT_MIGRATIONS=0 rake db:migrate
dentro del contenedor en ejecución.