Possibilmente un errore di proprietà o permessi? Preferisco usare cp -a (come root), anche se nemmeno quello garantisce una copia perfetta: per quello, usa tar o cpio.
Forse qualcosa non gradisce i collegamenti, nel qual caso potrebbe essere meglio un mount o un mount loopback.
In ogni caso, idealmente, esiste un log da qualche parte che ci dice cosa non è partito o cosa non ha gradito ciò che ha trovato.