O backup incluirá o banco de dados e os uploads (se não estiverem no S3). O app.yml não está no backup, pois o Discourse não pode lê-lo.
O que eu recomendo para a maioria das pessoas é ter os backups no S3 e o app.yml em algum lugar que você possa obter em caso de emergência. Então, você pode construir um novo contêiner com o app.yml e restaurá-lo a partir da linha de comando. Mas se você tiver as habilidades técnicas para fazer backup/restaurar o postgres com alguma outra ferramenta, e as imagens no S3 (ou talvez você as tenha em backup de outra forma também), então você pode simplesmente reconstruir o contêiner e estará de volta.
Ou talvez você queira ter vários servidores postgres espelhados continuamente e, em seguida, providenciar a troca automática para o backup se o primário falhar.
Existem um zilhão de maneiras de fornecer backups mais frequentes do que o Discourse oferece. Se você precisar de backups mais frequentes, então você precisará fazê-los de outra forma.