Então, pelo que entendi, a melhor maneira é manter tudo separado.
Servidor principal para rodar o Discourse. Depois um servidor para PostgreSQL e S3 (ou qualquer outro serviço de object storage) para os uploads.
O arquivo app.yml me parece que não muda com frequência, então você só precisa salvá-lo uma vez. Ou no máximo algumas vezes durante o mês.
Isso permite que você faça backups dos seus arquivos, até de uma forma mais organizada.
Se for assim, acho que a escolha deles de não implementar múltiplos backups diários no core faz sentido. Por outro lado, quem tem necessidades complexas certamente fará configurações particulares como essa. E no final você só precisa refazer a instalação (com o app.yml salvo em algum lugar) e depois reconectá-lo ao banco de dados e ao S3 para os uploads dos dados. Os backups ficam nesses 2 servidores separadamente, então é fácil de gerenciar para mim. Acho uma solução bem justa.
Obrigado a todos pela explicação.