Мой сайт постоянно недоступен

Возможно, но если на сервере никогда не выполнялась команда ./launcher cleanup, то старые образы могли захламить систему. Похоже, что сервер был создан с помощью установки в один клик, поэтому, возможно, был пропущен раздел обслуживания сервера стандартной установки.

Мне бы очень хотелось увидеть вывод команды docker images, чтобы подтвердить это, но если там есть сиротский образ, который можно безопасно удалить, и это освободит достаточно места для восстановления работы сервера и возвращения его на правильный путь обслуживания, то это прояснит ситуацию.

Но вы правы: изменение размера может быть проще.