Acabo de pasar y renombré todas nuestras subcategorías con un prefijo de categoría, pero también estoy de acuerdo en que anidar sería una buena opción. Como tenemos diferentes niveles de seguridad en cada categoría principal, optamos por el mismo nombre, pero también puedo ver la ventaja de tener prefijos.
También sería bueno si las categorías pudieran contraerse y expandirse; con más de 200 categorías, es una lista larga.