Acabo de intentar probar esto con Discourse Version - 2.9.0.beta3, sin embargo, no pude reproducir el problema.
Específicamente, configuré un grupo de etiquetas con ajustes similares a los que describiste, es decir: “Las etiquetas son visibles para todos, pero solo los siguientes grupos pueden usarlas” y luego seleccioné dos grupos y hice clic en guardar.
Después de recargar, ambos grupos eran visibles, y al hacer clic en el menú “Las etiquetas son visibles para todos…”, ambos grupos podían ser deseleccionados.
Utilicé Chrome Version 99.0.4844.84 para acceder a Discourse, y también probé con otro administrador en el sitio usando Firefox 91.7.1esr y aún así no pude reproducir el problema.
Espero que esto ayude a arrojar algo de luz sobre este error.