Tengo problemas similares. Esto parece ser lo mismo que Failed to bootstrap using import template.
Y no pretendía intentar actualizar ese contenedor porque había visto esto, pero lo intenté de todos modos debido a otro error extraño. . .
EDIT: Agregué el comando
su discourse -c 'bundle config unset deployment'
al archivo de plantilla antes de la línea
su discourse -c 'bundle install --no-deployment --path vendor/bundle --jobs 4 --without "test development"'
y ahora funciona. (Pero, por desgracia, no resolvió mi problema no relacionado).