Я только что протестировал это на своём форуме, и вот результаты:
Я создал категорию, доступную для сотрудников и пользователей уровня TL3, а затем подкатегорию только для сотрудников.
Я создал одну тему в категории TL3 с тестовым аккаунтом, а затем три темы со своего основного аккаунта администратора. Результаты ниже.
Вот что видит пользователь уровня TL3: он может видеть родительскую категорию, но не приватную подкатегорию:
А вот как это выглядит со стороны сотрудников/администраторов:
После обращения к @JammyDodger я перенёс это в bug 
Хороших выходных!