Я использую плагин Category Boxes, который немного доработал, чтобы в категориях отображались новые сообщения в виде бейджика с количеством непрочитанных тем. Ещё планирую добавить второй бейджик другого цвета (например, оранжевого) для количества непрочитанных ответов. Пока не знаю, но мне ещё предстоит много работы 
