De acuerdo. En cuanto a tu pregunta específica, el comportamiento que estaba pensando era como tu segunda opción:
_En la interfaz de “Fijar…”, hay un campo de entrada “Fijar a etiquetas”, similar al campo de etiquetado normal, con las etiquetas actualmente en la publicación preseleccionadas.[1] _ El límite sería el límite de todo el sitio para etiquetas por publicación, sin embargo.
Pero también estaría de acuerdo con la tercera opción (“¡elige una!”). En el peor de los casos, si hay necesidad de fijar a múltiples etiquetas, los administradores del sitio podrían crear múltiples temas (que incluso podrían simplemente enlazar al tema “principal”).
Creo que fijar a todas es el peor de los casos, porque es probable que no sea correcto para todas las etiquetas (dependiendo de cómo un sitio use las etiquetas).
Hay una cuarta posibilidad incómoda que podría ser más fácil de implementar: fijar a “todas las etiquetas”, excepto que solo se permite cuando hay una sola etiqueta. Digo “incómodo” porque es un poco difícil de explicar y presentar como una limitación — pero en la práctica se ajustaría a mi caso de uso.
En cuanto a tus otras preguntas: Yo diría: 1. “sí” para las intersecciones de etiquetas, y 2. espera, ¿hay una forma de mostrar publicaciones por grupo de etiquetas? ¿Cómo? 
Plantea la pregunta: ¿podrías añadir nuevas etiquetas a la publicación desde esa interfaz? ↩︎