これは、ある程度、しばらく考えていたことです。
私がモデレーターを務めているフォーラムでは、TL（トラストレベル）に影響を与えるべきではないフラグが多くあります。例えば、重複トピックは閉じたりマージしたりするためにフラグが立てられます。しかし、スパムや不適切なコンテンツに使用される場合があるなど、TLに影響を与えるべきフラグもあります。
そこで、フラグごとにモデレーターが変更できるように、TLにカウントするかどうかを選択するオプションを設けてはいかがでしょうか。
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