Estaba revisando este problema hace un tiempo. Para evitar que los PNG se conviertan en JPG, también debes establecer la configuración de recomprimir calidad jpg original en 100. Hay más detalles sobre el problema aquí: Why default to converting PNG to JPG? - #18 by simon.
Háganos saber si realizar ese cambio no resuelve el problema para usted. Creo que lo ideal sería utilizar una sola configuración para controlar este comportamiento. Si eso no es posible, tendremos que actualizar las descripciones de las configuraciones para dejar claro cómo evitar que los PNG se conviertan en JPG.