Я изучал эту проблему некоторое время назад. Чтобы предотвратить конвертацию PNG в JPG, также необходимо установить настройку recompress original jpg quality (качество исходного JPG при повторном сжатии) на 100. Подробнее об этой проблеме можно узнать здесь: Why default to converting PNG to JPG? - #18 by simon.
Сообщите нам, если внесение этого изменения не решит вашу проблему. Идеально было бы использовать одну настройку для управления этим поведением. Если это невозможно, нам нужно будет обновить описания настроек, чтобы четко указать, как предотвратить конвертацию PNG в JPG.