Порты 443/80 отображаются как закрытые после установки

Отличные новости, молодец, что разобрался. Стоит отметить, что с Let’s Encrypt, если вы делаете серию неудачных запросов на получение сертификата, вас блокируют (на 7 дней, если не ошибаюсь). Поэтому важно быть внимательным и правильно оформлять эти запросы.