Siguiendo el hilo… Parece que si cambias las defaultOptions en vendor/assets/javascripts/markdown-it.js para que fuzzyLink sea false, como sugirió Sam, se soluciona mi problema. Pero hacerlo crea un gran dolor de cabeza, ya que no queremos tener que rehacer ese cambio manualmente cada vez que actualicemos.
Luego tropecé con una solución más sencilla. La configuración markdown linkify tlds es una lista de dominios de nivel superior que se asumen como URLs mediante el enlace difuso (fuzzy linking). Si eliminas todos esos TLD y añades solo un TLD falso que nunca aparecería realmente en una publicación, esto deshabilita efectivamente fuzzyLink. Necesitas al menos un TLD en la lista o, al parecer, cualquier cosa que termine con un . se tratará como un enlace.
Así que no es necesario cambiar el código; podemos deshabilitar fuzzyLink eliminando los TLD reales de la configuración y añadiendo uno falso.