Ehm… 
Esqueci a parte do Nginx (Discourse). Obrigado! 
Eu apenas editei o app.yml e executei um rebuild no container. O bot voltou quase instantaneamente após o container subir novamente. Ainda não vejo nenhum erro 429. Espero que continue assim para usuários “normais”.
Essa é a questão… Quando verifico a página de administração dos usuários, sempre vi entradas diferentes de “último IP”. Então, de alguma forma, o Discourse viu os IPs reais dos usuários, mesmo sem o mod_remoteip e também sem a alteração da configuração do Nginx. 
De qualquer forma, estou curioso para ver se a alteração da configuração do Nginx trouxe a solução para este problema!