«Официально поддерживаемый» способ — отключить плагины через административный интерфейс.
Вы можете удалить их из файловой системы, и это «вероятно» сработает (как вы говорите, в идеале плагины должны быть модульными). Но в настоящее время мы не проводим по этому поводу строгих тестов, поэтому не могу дать 100% гарантию.