Удалить всех пользователей, кроме администраторов или нескольких избранных — как проще

Вам следует использовать UserDestroyer. Он удалит другие данные, связанные с пользователем.

Непонятно, почему возникла эта ошибка.

Возможно, стоит восстановить резервную копию на момент до начала удаления и попробовать использовать Destroyer.