Não tenho certeza, mas usar noindex nelas pode ser prejudicial. O Discourse já está lidando com isso corretamente usando URLs canônicas.
Se você usar noindex nelas, há uma chance de que a página inteira seja indexada (porque todas são a mesma URL canônica), o que seria desastroso. Não sei ao certo o que acontecerá, mas eu seria extremamente cuidadoso, pois o Google costuma lidar com casos extremos de forma imprevisível, e a forma como ele lida com eles pode mudar com as atualizações. Já vi coisas estranhas acontecerem com tags canônicas.
Não se sabe exatamente como o algoritmo de classificação funciona, e ele muda com o tempo, mas outra coisa a considerar é que as classificações são resultado de links de entrada. Se um site externo linkar para uma URL /number, e essa URL retornar o cabeçalho noindex, é concebível que o Google não transfira o “link juice” de entrada para a URL canônica, o que poderia ser prejudicial para as classificações de pesquisa dos sites do Discourse.
Acho que seria muito mais seguro entrar em contato com alguém do Google Search e informá-los que a tag canônica não está funcionando para um CMS amplamente utilizado do que tentar encontrar uma solução alternativa que pode não ser tratada da mesma forma que o Google faz mais atualizações.