Quero que as respostas a um tópico sejam organizadas em estrutura de árvore, como outros scripts de fórum. Pesquisei bastante e não encontrei nenhuma solução, e também percebi que o Discourse nunca foi desenvolvido dessa forma. As respostas são em sua maioria de alguns anos atrás, então não sei se isso mudou?
Eu estava me perguntando se a estrutura de árvore para respostas pode ser alcançada ou se é um “não” total? Se sim, como?
Até que alguém apareça e cite uma autoridade, darei a você a resposta curta, que é Não 
Quando as pessoas clicam no pequeno botão de responder à postagem em vez do botão principal de responder ao tópico, é possível recolher/ocultar as outras respostas, mas isso só atende a metade do que você deseja.
Você pode escrever um componente de tema (ou talvez um plugin! Não sei) para estilizar as respostas de acordo com sua preferência. Dito isso, não é diretamente suportado e não há configuração para configurar no núcleo do Discourse que habilitaria essa funcionalidade.
É tão confuso quando você vem de outros scripts de fórum. Estou há 2 dias e até agora não consegui me orientar.
Se eu tivesse que escrever ou soubesse como escrever um plugin, eu criaria meu próprio software de fórum.
Se você clicar no pequeno 1 (ou provavelmente 2 agora) na minha primeira postagem acima, você verá nossa conversa com as outras respostas ocultas.
Isso é ainda melhor! Controle total sobre seu próprio software, do jeito que você gosta
O Discourse segue o modelo plano para discussões:
Se você está procurando por um software com discussão em árvore/thread, existe
Eu mesmo tinha entendido mal. Acho que fazer isso mostra todas as respostas para a postagem relevante, mas apenas as respostas diretas. Portanto, após esta segunda resposta à sua postagem, o número ao lado dela pode ser 2 e mostrará minhas duas respostas (mas não quaisquer respostas futuras às minhas próprias postagens).
Qual software de fórum você usa diariamente? Você não usa/usou fóruns como phpBB, vBulletin, Vanilla, etc.?
Não sei qual é o seu objetivo (criar uma nova comunidade?), mas tenho certeza de que você conseguiria se familiarizar com ele bem rapidamente. Discussões “planas” são bastante comuns na Internet.