Curiosamente, no encontré ningún tema sobre eso, pero ha sido un problema menor de larga data.
Aquí, definí el tamaño personalizado como 50×20 para un emoji cuadrado:

Resultado en la vista previa del compositor de markdown:

El resultado en la publicación se ve como se esperaba:

Además, las imágenes a las que se les ha dado altura y anchura personalizadas en el editor de markdown ignoran esos atributos cuando cambiamos al markdown del editor enriquecido:

Sin embargo, se ve como se esperaba al publicarse.