Asumiendo que se trata de una instalación estándar y utiliza /var/discourse en lugar de un paquete de terceros que no podemos admitir aquí, hay un problema con la instantánea original o con la forma en que se restauró. Hago esto con bastante regularidad y nunca he tenido una carpeta que desaparezca.
De cualquier manera, es una pregunta para el soporte de Digital Ocean, se relaciona con su VPS y su instantánea, no con Discourse.