Если вы используете собственный хостинг, это можно сделать через консоль Rails. Если вы используете хостинг-провайдера, обратитесь в службу поддержки.
Возможно, там есть некоторые подсказки в разделе Административные массовые операции.
Что-то вроде:
t=Topic.all.with_deleted.where("deleted_at is not null").where(user_id: 123)
t.update_all(deleted_at: nil, deleted_by_id: nil)
Но, думаю, после этого вам потребуется выполнить ещё что-то для обновления других таблиц.