Vagrant не поддерживается, но вот несколько советов на всякий случай. 
Не совсем уверен, как работает rsync. Нужно ли, чтобы путь заканчивался на косую черту? Если файл попал в правильную директорию, убедитесь, что сервер имеет права на чтение скопированного файла.