Así que necesitas mover tu código a tu propio plugin. Confío en que tienes las habilidades para hacerlo si puedes modificar el código directamente. Instala como lo hace todo el mundo. De lo contrario, tu caso no tendrá soporte, a menos que alguien tenga mucho tiempo libre para resolver tu situación novedosa.
Por favor, utiliza la arquitectura de plugins si la lógica principal no se ajusta a tus necesidades. Al menos, la instalación básica será idéntica. Te lo agradecerás en el futuro cuando las actualizaciones sean solo un clic. Además, ayudarás a quien te reemplace y obtendrás un soporte más ágil aquí.
La guía que podrías necesitar está aquí: Developing Discourse Plugins - Part 1 - Create a basic plugin
Sin embargo, antes de llegar tan lejos, quizás quieras explicar por qué el soporte nativo de SSO no se ajusta a tus necesidades; tal vez un especialista en esa funcionalidad pueda opinar.