Думаю, для создания такого количества пользователей лучше использовать скрипт импорта, но это уже не по теме 
В любом случае, если вы также отправляете письма в скрипте, вы упрётесь в лимит запросов.
Если вы хотите замедлить процесс отправки писем, добавьте sleep(x) (x — время в секундах) в цикл Ruby; это значение нужно подобрать в соответствии с установленными лимитами запросов.
Если вы планируете запускать скрипт на длительное время, используйте менеджер сессий, например screen или tmux.
user = User.find_by(username: 'alehandrof')
if user
email_token = user.email_tokens.create(email: user.email)
Jobs.enqueue(:critical_user_email, type: :forgot_password, user_id: user.id, email_token: email_token.token)
end
Нет необходимости создавать отдельный Ruby-файл для этого; вы можете запустить код в консоли Rails (./launcher enter app, затем rails c).