Je pense que je rencontre un problème similaire. Je pensais que c’était parce que j’utilisais un sous-sous-domaine (Let's Encrypt with sub-subdomain?), mais j’ai essayé avec un sous-domaine régulier et le certificat ne se génère toujours pas pour le nouveau site.
J’essaie de comprendre comment vous avez réussi à le faire fonctionner, mais je n’arrive pas à suivre 
Qu’avez-vous fait pour que cela fonctionne pour vous ?
Si c’était cela, lesquelles des instructions if avez-vous commentées ?
Avez-vous également une idée de ce qui pourrait causer ce nouveau problème ?