Hola,
Actualmente no existe ninguna configuración de administrador para desactivarlos, y pueden entrar en conflicto en varios casos: la extensión de atajos de teclado de Vimium en Firefox, la entrada de voz, los lectores de pantalla, etc.
El bloque de construcción ya existe: la API de plugins tiene disableDefaultKeyboardShortcuts (en services/keyboard-shortcuts.js).
Podría ser una configuración de administrador o una configuración por usuario en su perfil.