ブラウザのキャッシュにまた騙されただけかもしれません 
いずれにせよ、そのサーバーをデフォルトのマルチサイト設定に切り替え、Caddyをリバースプロキシとして使用しました。結局、これも簡単で、気に入っている点は、証明書が各ドメイン用になること（すべてのドメインが1つの証明書で共有されるのではなく）です。
更新するサーバーがもう1台あるので、次回はそのサーバーで調整を試して、何が必要か確認してみます。
改めて、ありがとうございました！
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