Sugerí que los cambios en la configuración que ocurren durante una actualización se registren en los registros de acciones del personal aquí: Log setting changes that happen because of an update in staff action logs
Esto no te notifica directamente, pero al menos ayuda a averiguar por qué cambió una configuración. Además, facilita configurar una automatización que te notifique sobre dichos cambios: Notify admin when site settings are updated by system - #11 by Moin