Esto también está sucediendo en mis dos sitios autoalojados, después de actualizar desde la línea de comandos hoy. Estas son instalaciones muy básicas sin personalización ni plugins no oficiales, se mantienen actualizadas regularmente y normalmente se actualizan sin dificultad.
Actualmente estoy probando las sugerencias de @mwaniki y veré cómo funciona, e informaré aquí.