SMTP-пароль сохраняется в открытом виде?

Как сказал Джей, если кто-то получил доступ к вашему файлу app.yml, у вас гораздо более серьёзные проблемы. Это означает, что у них, скорее всего, есть полный root-доступ к вашему серверу, включая вашу производственную базу данных.

Лучшая практика в данном случае — убедиться, что ваш сервер защищён.