SSL no es válido para www.domain.com

Instalación
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¿Estás siguiendo las instrucciones en Set up Let’s Encrypt with multiple domains / redirects?

Si introduces www.mysite.com en la plantilla en el OP, genera esto:

after_ssl:
   # tell letsencrypt what additional certs to get
    - replace:
        filename: "/etc/runit/1.d/letsencrypt"
        from: /--keylength/
        to: "-d www.mysite.com --keylength"
    - replace:
        filename: "/etc/runit/1.d/letsencrypt"
        from: /--fullchainpath/
        to: "-d www.mysite.com  --fullchainpath"
        global: true

Así que lo estás haciendo mal.