Вы следуете инструкциям по адресу Set up Let’s Encrypt with multiple domains / redirects?
Если вы вставите www.mysite.com в шаблон в первом сообщении, это сгенерирует следующее:
after_ssl:
# укажите letsencrypt, какие дополнительные сертификаты нужно получить
- replace:
filename: "/etc/runit/1.d/letsencrypt"
from: /--keylength/
to: "-d www.mysite.com --keylength"
- replace:
filename: "/etc/runit/1.d/letsencrypt"
from: /--fullchainpath/
to: "-d www.mysite.com --fullchainpath"
global: true
Значит, вы делаете это неправильно.