SSL недействителен для www.domain.com

Вы следуете инструкциям по адресу Set up Let’s Encrypt with multiple domains / redirects?

Если вы вставите www.mysite.com в шаблон в первом сообщении, это сгенерирует следующее:

after_ssl:
   # укажите letsencrypt, какие дополнительные сертификаты нужно получить
    - replace:
        filename: "/etc/runit/1.d/letsencrypt"
        from: /--keylength/
        to: "-d www.mysite.com --keylength"
    - replace:
        filename: "/etc/runit/1.d/letsencrypt"
        from: /--fullchainpath/
        to: "-d www.mysite.com  --fullchainpath"
        global: true

Значит, вы делаете это неправильно.