Traefik が複数のコンテナへのリバースプロキシとして機能している場合は、その方法も可能です。しかし、2 つのドロプレットを用意し、使用していない方は削除するという方がはるかに簡単です。こうすれば、デバッグも容易で、こちらでサポートも受けられる、標準的なインストール状態を維持できます。
編集：もし、Traefik をフロントエンドとし、複数の Discourse、WordPress、Ghost コンテナに加え、見やすいグラフを作成するための Prometheus や Grafana コンテナを含む構成をご希望であれば、それもお手伝いできます。
私が推奨する方法は、S3 バケット（または GCP、Digital Ocean の同等サービス）にバックアップを保存することです。同じサーバー上にあれば、2 つのコンテナでバックアップ用マウントを共有することも可能ですが、S3 を利用する方が非常に優れており、万が一の災害時に新しいサーバーへ移行するのも容易になります。