Hat er in Thunderbird irgendwelche Add-ons, die hier stören könnten? Eine oberflächliche Suche nach thunderbird changing reply-to hat beispielsweise folgendes Ergebnis geliefert:
https://addons.thunderbird.net/en-US/thunderbird/addon/stop-ignoring-reply-to/
Außerdem könnte es hilfreich sein, wenn du die ursprüngliche E-Mail erhältst, die er bekommt, und ihn eventuell einen anderen E-Mail-Client oder Webmail testweise nutzt, falls verfügbar.