Por padrão, o Discourse tenta ocultar, por exemplo, assinaturas e mensagens anteriores quando você envia um e-mail para uma categoria, pois as postagens em uma categoria geralmente são públicas. Essas partes são removidas porque podem conter endereços de e-mail que o usuário não pretendia compartilhar com todos que podem ler as postagens nessa categoria.
Acho que as configurações relacionadas a isso são Trim incoming emails (Aparar e-mails recebidos) e Always show trimmed content (Sempre mostrar conteúdo aparado). Lembro-me de algo sobre Incoming email prefer HTML (Preferir HTML em e-mails recebidos) também. Mas não me lembro exatamente como elas interagem.
Para o problema de que as respostas criam novos tópicos, desabilitar Find related post with key (Encontrar postagem relacionada com chave) pode ajudar. Mas, como eu disse, não tenho experiência com essas configurações.