Creo que mientras no cambies la paleta y uses “theme default”, el color cambia como se espera. Pero una vez que seleccionas algo más, el resultado es confuso.
@tobiaseigen dijo que es un área en la que están trabajando actualmente en How to make the automatic dark theme the same as the selected dark theme? - #5 by tobiaseigen. Así que, con suerte, mejorar la configuración para los administradores también facilitará las cosas para los usuarios.
Creo que tener una paleta de colores clara y oscura por defecto por tema, que se establece cuando el usuario elige ese tema, ayudaría. De lo contrario, seleccionar paletas como gris ámbar es difícil porque no es una opción para todos los temas y la configuración de esquema del modo oscuro por defecto hace las cosas aún más confusas.